في آخر ذي القعدة سنة (220)هـ ،استشهد إمامنا الجواد (عليه السلام) بسُمٍ دُسّ له بعد أن أمر به المُعتصم العباسي ، حيث اتصل جعفر بن المأمون بأختهِ أم الفضل زوجة الإمام الجواد (عليه السلام ) " وكانت أم الفضل تنقم من زوجة الإمام الأخرى أم الإمام الهادي (عليه السلام) " ، وأقدَمَ هذا الطاغية على اقتراف هذه الجريمة النكراء، ولم يَرْعَ حُرمة النبي (صلى الله عليه واله وسلم) في أبناءهِ (عليهم السلام)، وكان دافع اغتيال المُعتصم للإمام (سلام الله عليه) هو حسد المعتصم له على ما ظَفرَ به من الإكبار والتعظيم عند عامَّة المسلمين .
فاخذ يبث إليها سمومه وكلماته وشرح لها الخطة في القضاء على أبي جعفر (عليه السلام) فوافقت فأعطاها سُماً فتاكاً جعلته في طعام الإمام عليه السلام .
ولما أكل منه أحس بالآلام والأوجاع، ثم ندمت أم الفضل على فِعلها وأخذت تبكي فقال لها الإمام: والله ليضربنك بفقر لا ينجي، وبلاء لا ينستر، فبُليت بعِلّة في بدنها فأنفقت كل مالها على مرضها هذا فلم ينفع حتى نفذ مالها كُله، وأما جعفر فسقط في بئرٍ عميق حتى أُخرج ميتا .
وأما الإمام (عليه السلام) فقد لحق بآبائه الطاهرين (عليهم السلام) في مقعد صدق عند مليك مقتدر، وكان له من العمر 25سنة .
وحُمِل الجثمان المقدَّس إلى مقابر قُريش، وقد حفَّت به الجماهير الحاشدة، فكان يوماً لم تشهد بغداد مثله، فقد تَجمَّعت عشرات الآلاف في مواكب حزينة، وهي تردِّدُ فضل الإمام (عليه السلام) وتندبه وتذكر الخسارة العظمى التي لحقت المسلمون في فقدهم للإمام (عليه السلام).
وحُفِر للجثمان المقدَّس قبرٌ ملاصقٌ لقبر جدِّه الإمام الكاظم (عليه السلام) فَوَاراه فيه ولده الإمام علي الهادي (عليه السلام) بعد أن قام بتغسيله وتكفينه والصلاة عليه.